为了提高蛋白质预测和实验数据之间的相互吻合度，PIR建立了一套系统，允许研究者们递交、分类、提取文献信息。PIR提供了在超家族、域和模体水平上的对蛋白的分类。PIR同时提供了蛋白的结构和功能信息，并给出了与其他40个数据库之间的相互参考。PIR还提供了一个非冗余的蛋白质数据库，包括从PIR-PSD，SWISS-PROT，TrEMBL，GenPept，PDB收集来的约800，000条序列，对每条序列给出了一个符合的名称和相关文献。为了提高数据库的协同工作能力，PIR采用开发的数据库框架，利用XML技术进行数据发布。

除了蛋白质序列数据以外，PIR保冷管壳还包含以下信息：

（1）蛋白质名称、蛋白质的分类、蛋白质的来源；

（2）关于原始数据的参考文献；

（3）蛋白质功能和蛋白质的一般特征，包括基因表达、翻译后处理、活化等；

（4）序列中相关的位点、功能区域。

保冷管壳提供三种类型的检索服务：

（1）基于文本的交互式查询，用户通过关键字进行数据查询。

（2）标准的序列相似性搜索，包括BLAST、FASTA等。

（3）结合序列相似性、注释信息和蛋白质家族信息的高级搜索，包括按注释分类的相似性搜索、结构域搜索等。