当公司申报出现异常时，可以按照以下步骤进行处理，以确保问题得到妥善解决：

一、了解异常原因

首先，公司需要了解申报异常的具体原因。这可以通过查看税务部门的通知、自查财务报表和税务申报记录等方式进行。了解异常原因有助于公司确定后续的处理方向。

二、准备相关材料

根据异常原因，公司需要准备相应的证明材料。例如，如果是因未按时申报导致的异常，需要准备未申报期间的财务报表、纳税申报表等；如果是因税款缴纳不足，则需要提供补缴税款的计算依据和资金来源证明等。确保材料齐全、准确，以便后续向税务部门提交申请。

三、向税务部门提交申请

准备好相关材料后，公司需要向主管税务机关提交解除税务异常的申请。申请中应详细说明异常原因、整改措施以及今后避免类似情况发生的承诺等。同时，公司也可以附上已准备的相关证明材料，以便税务部门进行审核。

四、税务部门审核

税务部门在收到公司的申请后，会进行审核。审核内容包括公司提供的材料是否齐全、异常原因是否真实合理、整改措施是否有效等。公司需要耐心等待税务部门的审核结果，并根据审核结果进行后续处理。

五、解除税务异常

如果公司的申请通过税务部门的审核，税务部门会出具相关文书，正式解除公司的税务异常。公司此后应按照税收法律法规的规定正常进行税务申报和税款缴纳。

六、注意事项

公司在处理申报异常时，应遵守《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则的相关规定，确保处理过程合法合规。
公司在准备相关材料时，应确保材料的真实性和准确性，避免提供虚假材料导致问题加重。
公司应积极配合税务部门的审核工作，及时提供所需的申报信息和相关材料，以便税务部门能够尽快完成审核并解除税务异常。

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