微波干燥机广泛的用于食品的加工，比如鸡肉、鸭肉、牛肉干、猪肉脯等制品的干燥、杀菌和热化都需要微波干燥工艺。假如牛肉干或者鱼片等食品不使用微波干燥机进行杀菌和干燥的话，这些食品在三四天内就会腐败，从而影响到它们的销售，大大地损坏了企业的经济效益。然而，经过微波干燥后的食品，仍保持其原有的风味，保质期也能延长到6个月左右。
虽然微波有极强的穿透力，但却穿不透PET塑料、玻璃、纸张、陶瓷等材质的包装，所以这就涉及到食品包装的问题了，因为PET塑料或玻璃等不吸收微波，不会发热，利用这些来包装食品是好的选择，既卫生又可以避免二次污染，何乐而不为呢！另外，需要注意的是：由于金属、铝箔可以反射微波而不被穿透，所以包装材料不能采用金属材料或者含有金属成分。
后提醒大家，利用微波烘干机处理瓶装食品时，包装内的食品会发热，从而造成气压升高，如果完全密封，则会造成气压过大而冲破包装。那么，怎样解决这一难题呢？方法一、微波杀菌，然后迅速密封。方法二、将密封后的食品放置压力容器内再用微波杀菌。方法三、真空包装后再用微波杀菌设备杀菌。